Warto zwrócić uwagę, iż w Dzienniku Ustaw Nr 201 poz. 1541 z dnia 30 listopada 2009 r.  ukazała się ustawa z dnia 23 października 2009 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych oraz ustawy o zryczałtowanym podatku dochodowym od niektórych przychodów osiąganych przez osoby fizyczne, która zmienia dotychczasowy sposób opodatkowywania przychodów ze zbycia praw majątkowych ze świadectw pochodzenia (tzw. zielone i czerwone certyfikaty).

Przychody te będą teraz kwalifikowane jako przychody z działalności gospodarczej a nie – jak chciały niektóre urzędy skarbowe – jako przychody ze sprzedaży instrumentów finansowych określonych w ustawie o obrocie instrumentami finansowymi.

Tymczasem ustawodawca nie zauważył, iż niedawno została zmieniona sama ustawa o obrocie instrumentami finansowymi (patrz: ustawa z dnia 4 września 2008 r. o zmianie ustawy o obrocie instrumentami finansowymi oraz niektórych innych ustaw - Dz.U. z 2009 Nr 165, poz. 1316) i zmiana ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych w ogóle nie była potrzebna, bo oczekiwany skutek polegający na wykluczeniu możliwości kwalifikacji praw majątkowych ze świadectw pochodzenia jako instrumentu finansowego nastąpił już z mocy tej pierwszej nowelizacji.

Zważywszy, że nowelizacja ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych wejdzie w życie z dniem 1 stycznia 2010 r. (i ma zastosowanie do przychodów uzyskanych od tego dnia), natomiast nowela ustawy o obrocie instrumentami finansowymi weszła w życie w dniu 21 października 2009 r., okres pomiędzy tymi dwoma datami może być źródłem sporów fiskusa z podatnikami.

Wydaje się na pierwszy rzut oka, że chodzi tylko o niecałe 3 miesiące. Jednak biorąc pod uwagę, iż Polska z opóźnieniem implementowała Dyrektywę Mifid a zmiana definicji instrumentów finansowych wynikała już z samej Dyrektywy, Skarb Państwa może być narażony na roszczenia odszkodowawcze podatników i zwrot nienależnie zapłaconego podatku także za okres wcześniejszy (postanowienia Dyrektywy MiFID powinny były zostać implementowane do krajowych porządków prawnych państw członkowskich Unii Europejskiej do dnia 31 stycznia 2007 r.).