Z uwagi na to, że prawa do emisji zanieczyszczeń nie zostały wskazane (ani bezpośrednio, ani też pośrednio) w definicji zamieszczonej w art. 16b ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, nie mogą być uznane za wartości niematerialne i prawne w rozumieniu tej ustawy. Ponieważ prawa te nie są składnikiem majątku trwałego, koszt podatkowy występuje już w momencie poniesienia.

Na ogół zakup uprawnień będzie celowy i uzasadniony. Nie został też wyłączony z kosztów uzyskania przychodów w katalogu negatywnym zawartym w art. 16 ust. 1 ww. ustawy.

Ponieważ prawa te nie są składnikiem majątku trwałego, koszt występuje już w momencie poniesienia.

Jednocześnie wydaje się, iż wliczenie w koszty podatkowe kary za nadmierną emisję (w wysokości 100 EURO za 1 brakujące uprawnienie) nie będzie możliwe ze względu na treść art. 16 ust. 1 pkt 19 lit. a) ww. ustawy. Zgodnie z tym przepisem nie uważa się za koszty uzyskania przychodów kar, opłat i odszkodowań oraz odsetek od tych zobowiązań z tytułu nieprzestrzegania przepisów w zakresie ochrony środowiska.

Jest to jednak istotne pole dla harmonizacji wspólnotowego prawa z punktu widzenia jednolitych warunków konkurencji, bowiem w dostępnej literaturze podkreśla się, iż w Niemczech takie ograniczenie nie funkcjonuje.

Niewątpliwie takie zróżnicowanie wpływa na warunki funkcjonowania przedsiębiorstw w systemie handlu emisjami oraz ponoszone z tego tytułu koszty.

Natomiast w zakresie opodatkowania podatkiem od towarów i usług VAT należy wskazać, iż odpłatne przeniesienie, przez osobę podlegającą podatkowi od towarów i usług, uprawnień do emisji CO2, w rozumieniu wskazanym w art. 12 Dyrektywy 2003/87/WE, jest opodatkowaną dostawą usług podlegającą zakresowi art. 9(2)(e) Dyrektywy 77/388/EEC (tak interpretacja zamieszczona na stronach internetowych Komisji Europejskiej).

Tak więc transfer uprawnień podlega opodatkowaniu VAT.