Jednakże biorąc pod uwagę, iż o charakterze umowy decydują (także dla organów fiskalnych) zgodny zamiar stron i cel umowy, takie formalne tylko rozbicie uzgodnionej transakcji na dwie odrębne umowy, także nie wydaje się do końca zabezpieczać przed ryzykiem uznania, iż w zakresie VAT obowiązek podatkowy z tytułu nabycia z zagranicy 10 000 CER (jako importu usług) powstanie w polskiej firmie od razu z chwilą wydania EUA (praw będących przedmiotem zamiany).

Data wydania przez polską firmę EUA (świadczenie rzeczowe) jest w tym przypadku kwalifikowana, jako moment dokonania zapłaty za nabywane usługi (całość importowanych  CER).

Okazuje się, że Wspólny Rynek – mimo, iż leżał u podstaw powstania Unii Europejskiej, nie do końca został zrealizowany w założeniach Wspólnotowego Systemu Handlu Emisjami, którego koncepcję opracowano przecież w całości na szczeblu unijnym.

Problemy pojawiają się w szczególności w przypadku firm globalnych, które w ramach restrukturyzacji zamierzałyby np. ograniczać lub likwidować produkcję w mniej rentownych instalacjach (zlokalizowanych w jednym państwie członkowskim Unii) i przenosić ją do tych najbardziej wydajnych (z siedzibą w innym państwie członkowskim). Niedoskonałości systemu EU ETS z tym związane skłoniły np. firmę Arcelor do zaskarżenia Dyrektywy 2003/87/WE do Sądu Pierwszej Instancji.

Kwestia przenoszenia alokacji EUA z likwidowanej instalacji na inną – zwłaszcza w przypadku transferu transgranicznego – pozostaje jednak aktualna także w odniesieniu do trzeciego okresu rozliczeniowego, mimo radykalnie zmienionego w tym zakresie stanu prawnego.